Az erdőrezervátum-kutatások céljainak meghatározásakor a rezervátumok definíciójából, illetve létesítésük céljából kell kiindulni. Az erdőrezervátumokban eszerint a zavartalanul érvényesülő (természetes) erdei folyamatok vizsgálata a legfontosabb. Mivel a hazai rezervátumoknak szinte mindegyike korábban gazdasági erdő volt, szerkezetük és működésük jelentősen különbözik a közvetlen emberi behatásoktól mind ez idáig mentes őserdőkétől. Ezért arra is törekedni kell, hogy a kutatások során a Földön még megtalálható őserdőkről megszerzett ismereteket is felhasználjuk. Amellett, hogy a rezervátumokban nyomon követjük a magukra hagyott erdőtársulásokban végbemenő átalakulási és fejlődési folyamatokat, meg kell érteni a gazdasági erdőkben lezajlókat is. Ahhoz, hogy a – mai, illetve elvben lehetséges más – gazdálkodási alternatíváknak az erdők összetételére, szerkezetére, sokféleségére, egészségi állapotára, stabilitására stb. gyakorolt hatását vizsgálni lehessen, valamint hogy jobban megértsük a mai gazdálkodást (erényeivel és hibáival együtt), arra van szükség, hogy feltárjuk a természetes (természetközeli) és a gazdasági erdők szerkezete és működése közötti alapvető hasonlóságokat és különbségeket. (Somogyi Zoltán: Az erdőrezervátumokban folytatandó kutatások általános célkitűzései)

Az erdőrezervátumok létrehozásának elsődleges célja az erdők természetes fejlődésének és a természetes folyamatok által létrehozott szerkezeteinek a kutatása. A vizsgálandó fő alaptudományi kérdéskörök a következők:

• természetes erdőfejlődés által létrehozott szerkezetek;
• természetes szerkezeti elemek és a biodiverzitás egyes elemeinek kapcsolata;
• regeneráció;
• természetes bolygatások és szerepük;
• természetes erdők ciklusaival összefüggő talajfejlődés;
• erdőművelési gyakorlat alapját adó elméletek tesztelése.